Cuando se diseñan moléculas, la palabra docking hace referencia a la predicción de cómo se orientará una molécula en relación a otra cuando se unen para formar un nuevo complejo.
Conocer la orientación de una molécula es importante, puesto que cada una produce efectos que no consiguen otras. Esto resulta indispensable en algunos campos, como la farmacología.
AutoDock es una herramienta de docking automático capaz de predecir cómo pequeñas moléculas se unirán a estructuras tridimensionales concretas. Consta de dos programas distintos, AutoDock y AutoGrid.
El primer módulo, AutoDock, realiza el docking del ligando con rejillas que describen la proteína objetivo. El segundo, AutoGrid, se encarga de calcular las rejillas.
Para funcionar, AutoDock requiere Cygwin y las AutoDockTools. Si bien la instalación es muy lenta y compleja, hay una gran cantidad de documentación disponible en la web de los autores, desde tutoriales hasta vídeos.
